万历皇帝也不想把事情闹大，最终只能亲下谕旨，说书是他赐给郑贵妃的，也是劝诫其行事要尊妇德。

然后又下令逮捕樊玉衡和戴士衡，以“结党造书，妄指宫禁，干扰大典，惑世诬人”的罪名分别谪戍广东雷州和廉州。

而吕坤已经患病致仕，未被问罪。

第一次的妖书案就这样草草了结，由于万历皇帝故意轻描淡写地处理，所以并未引起政坛的震动。

谁也没有想到，万历三十一年（1603年）妖书案会再次卷土重来。

内阁大学士朱赓在家门口发现了一份题为《续忧危竑议》的揭帖，指责郑贵妃意图废太子，册立自己的儿子为太子。

不仅朱赓收到了这份传单似的东西，而在此之前一夜，已经在京师广为散布，上至宫门，下至街巷，到处都有。

《续忧危竑议》假托“郑福成”为问答。

所谓“郑福成”，意即郑贵妃之子福王朱常洵当成。

书中说皇上立皇长子为皇太子实出于不得已，他日必当更易；

用朱赓为内阁大臣，是因“赓”与“更”同音，寓更易之意。

并指名道姓地攻击了内阁大学士朱赓和首辅沈一贯，说二人是郑贵妃的帮凶。

此书大概只有三百来字，但内容却如同重磅炸弹，在京城中掀起了轩然大波。

当时就有人以此书“词极诡妄”，将其称为“妖书”。

由于风波太大，朱赓和沈一贯除了上疏为自己辩护外，为了避嫌，也不得不带罪在家。

给事中钱梦皋上疏，诬陷礼部右侍郎郭正域和另外一名内阁大学士沈鲤与“妖书案”有关。

当时三时内阁三位辅臣，朱赓和沈一贯被“妖书”点名，不得不避嫌，现在沈鲤又被牵扯之后，内阁全体沦陷。

而郭正域再一牵扯进来，则更加把此事复杂化了。

因为郭正域又与‘楚宗案’相关。

当年楚王府镇国将军华趆上疏，称华奎为异姓子，不当袭爵。

礼部侍郎郭正域力请勘实，首辅沈一贯反对勘验，双方争持不下。

后中旨判华趆诬奏，降庶人，锢之凤阳；郭正域亦罢职听勘。

此案也一度闹的沸沸扬扬，现在又炒出来把妖书案的复杂程度上升了无数个档次。

针对郭正域的审讯一连进行了五天，始终不能定案。

万历皇帝震怒，下诏责问会审众官，众官惶惶不安。