与司令官一同勘察地形、选择地址的还有杜阿尔特·帕谢科·佩雷拉，此人不仅是一艘战舰的舰长，还是一个学识渊博的学者。

科钦的地形可以称得上易守难攻，城市坐落在伸向水域的半岛上，泻湖和注入水域的河流阻挡在大陆和半岛之间。

阿尔布克尔克和佩雷拉走到半岛的顶端，此处可以监视泻湖的出口，同时有河流网络相护，敌人的进攻路径狭窄难行，二人一致选定此处用于建设要塞。

接下来的时间里，司令官一面安抚留守科钦的葡萄牙人，同时还要主持堡垒的修建和货物的买卖。

因为时间紧张，这个堡垒主要是由木头建成，仅有主楼使用石料修筑，布局为方形。木质外墙之外还挖有壕沟引水作护城河，各类工事完备。

从开工到竣工，这个堡垒的工期仅一个月，这得益于科钦君主为阿尔布克尔克提供的充足的资源，让葡萄牙工程师能在建材和工人极为丰富的情况下快速完成工程。

在堡垒竣工之日，葡萄牙人为此举行庆典，所有人都拿出最光鲜服饰穿着，堡垒各处旗帜招展，尽显华丽和醒目。科钦君主也出席参加，他穿着华服、乘着大象，在武士的簇拥下参观这这个堡垒。

阿尔布克尔克在庆典上对参加的葡萄牙军官和科钦要人说道：“在天主的庇佑和盟友的支持下，这座坚固的堡垒得以如同奇迹般在一个月之内落成……”

“最后，我决定将这座堡垒献给我的君主曼努埃尔，为表忠诚和恭顺，此堡将用我主陛下曼努埃尔之名命名。”阿尔布克尔克最后确定了堡垒的名字。

自瓦斯科·达·伽马抵达卡利卡特以来，这是葡萄牙在印度首次取得真正稳固的据点，科钦的葡萄牙堡垒落成是阿尔布克尔克的一小步，更是葡萄牙殖民事业的一大步。